A pesar de haber perdido la guerra y Saber, Shirou se ve incapaz de dejar de participar en la Guerra del Santo Grial. Cuando se revela que Sakura es una Maestra en la Guerra del Santo Grial, Shirou siempre está decidida a mantenerla a salvo. Cuando Sakura comienza a sucumbir a su misteriosa enfermedad, y la misteriosa sombra sigue matando gente, Shirou y Rin están decididos a terminar la Guerra del Santo Grial.