Cinco Genesect han invadido la gran ciudad y suponen una amenaza para el suministro de electricidad, lo cual atrae la atención del Pokémon legendario Mewtwo, a pesar de desconocerse sus intenciones. Ash, Pikachu y sus amigos deben acudir al rescate cuando el poderoso líder de los Genesect, un Genesect rojo, se enfrenta a Mewtwo.